对工程款计价方式来进行变更要有明确约定，不能以进度款支付认定双方对计价方式变更为据实结算。根据《最高人民法院关于审理建设工程项目施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）》第十一条第一款“当事人就同一建设工程订立的数份建设工程项目施工合同均无效，但建设工程质量合格，一方当事人请求参照实际履行的合同结算建设工程价款的，人民法院应予支持”的规定及《建设工程项目施工合同》专用条款第六条21、22的约定，可调价款因素包括定额、取费标准、甲供材采保费计取比例、图纸会审纪要、工程变更、工程签证单等双方认可的其他有效文件。故本案应当按照鉴定机构作出的以投标价加减变更的鉴定意见认定工程造价。
涉案工程系未完工工程，对于已完成的工程经验收合格的，发包人应当支付相应的工程价款。经验收合格包括经过修复后验收合格的工程。
2014年5月9日，银古公司与苏中公司就构造柱处理等问题形成的《会议纪要》记载，构造柱整改分项工程款先扣除，将来因此发生质量上的问题引起的业主投诉，苏中公司全权负责处理至合格。双方已经对构造柱问题达成共识。
本案诉讼中，就涉案工程质量上的问题经一审法院委托国鉴所鉴定，国鉴所出具《鉴定检验报告书》之后经一审法院委托，信远鉴定所根据国鉴所出具的鉴定意见就涉案工程修复方案及修复费用出具《司法鉴定意见书》。
苏中公司已完成大部分工程，从国鉴所就涉案工程质量上的问题出具的鉴定意见来看，涉案工程存在主要的工程质量上的问题有，在建筑与结构方面存在渗漏、墙面空鼓现象，楼层净高、砌块墙面外挂钢丝网的直径与做法、屋面防水做法等不满足设计或规范要求，水、暖、电方面不满足规范或设计的基本要求。从信远鉴定所出具的涉案工程修复方案及修复费用来看，涉案工程能够直接进行修复且经修复后有利用价值。依据《最高人民法院关于审理建设工程项目施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第三条“建设工程项目施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；（二）修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担对应的民事责任”的规定，银古公司已在本案中提起反诉，主张由苏中公司承担修复费用，并在一审时申请对工程修复方案及修复费用进行检验确定，可以此认定银古公司认可工程经修复有使用价值。二审中银古公司又以工程未进行实际修复认为支付工程款条件未成就拒绝支付工程款，自相矛盾。根据本案的真实的情况，可以参照上述鉴定意见由苏中公司承担修复费用，视为工程验收合格。银古公司以工程未经验收合格，不应支付工程款的理由不能成立。
截止2013年7月16日《建设工程项目施工补充协议》签订时，根据工程款支付证书的记载，累计审定的应付款为48,101,767元，银古公司累计支付工程款3,732万元，下余10,781,767元。《建设工程项目施工补充协议》第一条工程进度款支付中约定，苏中公司承诺支付给银古公司的工程进度款为1,078万元，该数额与该补充协议签订时按照累计审定的下欠工程进度款的数额虽一致，但工程进度款是由于工程建设周期长、投入大等特点，为了能够更好的保证工程顺利施工而支付的款项，且本案工程进度款累计审定的应付款数额并未超过中标价。不能以工程进度款的支付认定双方对合同约定的工程款的计价方式来进行了变更。
双方当事人对据实结算并未进行约定，也未以实际行为对工程款计价方式来进行变更。涉案工程是依法一定要进行招投标的工程，通过招投标，发包人可以再一次进行选择资质优良同时建设成本相对合理的施工公司，在保证工程质量的同时控制成本。对于承包人而言，参与公开招投标，能够公平竞争平等缔约。而本案中双方当事人在招投标前即签订合同，破坏了市场秩序，苏中公司又以双方签订的《建设工程项目施工合同》无效来主张比中标价更高的利益，有违诚信。一审判决认定据实结算将会导致合同无效反而比合同有效能获取更高的利益。因此，一审判决认定双方通过实际的履行行为对工程价款结算进行了变更即据实结算，缺乏事实依据，认定错误，予以纠正。
本案中双方就涉案工程先后签订了《银古花园补充协议》和《建设工程项目施工合同》。双方在一审庭审中均认可实际履行的是《建设工程项目施工合同》。且双方与2013年7月16日签订的《建设工程项目施工合同补充协议》第四条约定“其他未涉及部分仍执行主合同（即《建设工程项目施工合同》）”。《建设工程项目施工合同》为可调价合同，由于双方对可调价范围存在争议，苏中公司认为可调价范围有工程量调整，银古公司认为工程量调整未在合同中约定，不应调整。因此鉴定机构营建公司按据实结算、投标价加减变更两种方式出具工程建设价格鉴定意见。
根据《最高人民法院关于审理建设工程项目施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）》第十一条第一款“当事人就同一建设工程订立的数份建设工程项目施工合同均无效，但建设工程质量合格，一方当事人请求参照实际履行的合同结算建设工程价款的，人民法院应予支持”的规定及《建设工程项目施工合同》专用条款第六条21、22的约定，可调价款因素包括定额、取费标准、甲供材采保费计取比例、图纸会审纪要、工程变更、工程签证单等双方认可的其他有效文件。故本案应当按照鉴定机构作出的以投标价加减变更的鉴定意见认定工程建设价格。
营建公司出具的《工程造价司法鉴别判定补充意见书》记载，根据苏中公司投标价加减变更计算的确认部分工程建设价格为52,762,518.66元，争议部分工程建设价格为1,720,136.19元。
两种计价方式争议部分工程建设价格中，在安装工程、采保费的具体项目和数额上一致，一审判决对于这两部分争议的认定正确，本院予以确认，即将安装工程建设价格258,410.46元、砌块及砖采保费造价18,785.24元，共计277,195.70元计入工程建设价格。对争议部分土建工程建设价格1,184,530.03元，具体包括构造柱560,781.80元、外墙保温层下抹灰623,748.23元。因双方对于构造柱问题已形成《会议纪要》，同意将构造柱工程款扣除，因此构造柱工程建设价格不计入应付工程款中。对于外墙保温层下抹灰623,748.23元，一审判决认定将此计入已完工工程建设价格中正确，本院予以确认。营建公司出具的2019年2月25日《补充工程建设价格司法鉴定意见书》对楼层结构净高小于设计的基本要求部分的工程建设价格进行检验确定形成补充意见，因银古公司对地暖工程进行了分包，并不能证明楼层结构净高小于设计的基本要求系苏中公司所致，此部分工程建设价格不应从已完工工程建设价格中扣除。故争议部分工程建设价格认定为900,943.93元（277,195.70元+623,748.23元）。
综上，已完工工程建设价格为，确认部分工程建设价格52,762,518.66元与认定的争议部分工程建设价格900,943.93元之和，即53,663,462.59元。双方对于一审认定的已付工程款52,407,900元无异议，本院予以确认。故银古公司还应支付苏中公司下欠工程款1,255,562.59元。
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